内设学术机构系（系、所、中心、实验室）

基础医学系

护理系

预防医学系

病理学系

临床医学系

口腔医学系

医学影像系

医学检验系

医学人文研究所

教学实验中心

《农垦医学》编辑部

教学评估中心（教师发展中心）

学科发展中心

资产管理与招采中心

医学教育研究室

医学教学督导室

新疆地方与民族高发病教育部重点实验室

新疆地方性高发病国家国际科技合作基地

重要新发传染病防控与公共安全兵团重点实验室

威廉希尔中文网站实验动物中心