在加强硬件建设、完善和规范实验室管理和开放运行机制的基础上，创造优良的科研环境，吸引优秀人才形成合理的学术梯队，通过对新疆民族高发性疾病、感染性疾病和人畜共患病等的研究，在分子水平认识这些疾病的发生与民族遗传易感性和相关环境因素的作用机制，探讨其早期诊断的新方法及其有效的防治对策。同时，通过所承担科研项目的实施，培养和锻炼一批优秀的学科带头人、学术骨干和专业技术人才，努力争取承担国家重大科研项目，并在具有潜在开发应用前景的新疆地方与民族高发性疾病等的预防、分子诊断和治疗以及预防等领域加强协作研究，产生一批高水平的科研成果，促进科研成果的转化和利用，从而提高我区医学基础与临床应用研究的整体水平。