学院创建于1949年，目前设有8个系，开设6个本科专业，其中临床医学为国家级特色专业。拥有4所附属医院(直属附属医院1所，非直属附属医院3所)，19所教学、实习医院，其中三甲医院16所，5个实习基地。
自治区重点学科2个，基础医学、临床医学、护理学和公共卫生与预防医学四个一级学科硕士点；临床医学硕士、护理硕士、口腔医学硕士和公共卫生硕士四个专业学位授权类别。
临床医学
学历：本科 学制：五年
【培养目标】本专业立足兵团、服务新疆，面向全国，服务于区域医疗卫生事业发展，培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设，德智体美劳全面发展，具有良好职业素养，扎实的医学基础与临床医学理论、基本知识和基本技能，具备初步临床能力、终身学习能力、创新精神、研究能力，能从事于临床医疗和卫生服务的高素质应用型临床医学专门人才。
【就业方向】在各级医疗卫生机构从事临床医疗、预防和卫生服务工作，在医学教育和科研等部门从事医学教育研究等方面工作。
护理学
学历：本科 学制：四年
【培养目标】本专业立足兵团，服务新疆，面向全国，服务区域护理事业发展。培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设和卫生保健事业发展需要的德智体美劳全面发展，比较系统地掌握护理学及相关的基础理论、基本知识和基本技能，具有基本的临床护理能力，较强的临床思维能力，初步的教学、科研及管理能力，并具备终身学习能力和良好的职业素养，能在医疗卫生保健机构从事护理临床、教学、科研及管理相关工作，并具有一定的职业发展潜能的高素质应用型护理专业人才。
【就业方向】从事临床高级护理、预防保健、护理管理、护理教学和护理科研等工作
预防医学
学历：本科 学制：五年
【培养目标】本专业立足兵团，服务新疆，面向全国，服务于区域医疗卫生事业发展，培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设，德智体美劳全面发展。具有良好的职业素养，扎实的预防医学基础理论，基本知识和基本技能；具备流行病学调查与疾病防治技能、创新意识和研究能力，能在疾病的预防与控制、公共卫生监督、卫生行政管理、妇幼保健、社区卫生服务、健康教育与健康促进等方面从事相关工作的高素质应用型预防医学专业人才。
【就业方向】从事预防保健、疾病监控、卫生监督、卫生管理和卫生教研等方面的工作
口腔医学
学历：本科 学制：五年
【培养目标】本专业立足兵团，服务新疆，面向全国，服务于区域医疗卫生事业发展，培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设，德智体美劳全面发展，具有良好职业素养，扎实的医学基础理论，基本知识和基本技能。具备初步口腔临床能力、终身学习能力、创新精神、研究能力，能在医疗卫生机构从事口腔常见病、多发病的诊治和预防工作的高素质应用型口腔医学专门人才。
【就业方向】能在口腔医疗卫生、口腔医学教育和科研等部门从事口腔医疗、预防和研究等方面工作，也可进行口腔诊所自主创业。
医学影像学
学历：本科 学制：五年
【培养目标】本专业立足兵团，服务新疆，面向全国，服务于区域医疗卫生事业发展，培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设，德智体美劳全面发展，具有良好的职业素养，扎实的医学基本知识，基本理论和基本技能。具备脚强的实践操作能力，临床思维能力，沟通能力，自主学习，终身学习能力，创新、研究能力。毕业后能够在医疗卫生单位从事医学影像诊断、核医学、介入放射和医学成像技术等方面工作的高素质应用型医学影像专业人才。
【就业方向】能在影像医疗（放射、CT、磁共振、B超等）、医学影像学教育和科研等部门工作
医学检验技术
学历：本科 学制：四年
【培养目标】本专业立足兵团，服务新疆，面向全国，服务于区域医疗卫生事业发展，培养政治立场坚定，适应我国社会主义现代化建设，德智体美劳全面发展，具有良好的职业素养，扎实的医学检验技术基础理论。基本知识和基本技能以及与之联系的基础医学，临床医学相关知识。具备初步的医学检验岗位的胜任能力和一定的科研发展潜能，能够胜任各级医院、血液中心、血站、疾病预防控制中心和检验检疫实验室等岗位工作的应用型医学检验专业人才。
【就业方向】能在临床检验、医学检验教育和科研部门从事医学检验和医教研等方面工作